Природные богатства заповедника изучены на научной основе и полностью учтены. Животный мир представлен 1124 видами, среди которых 41 вид млекопитающих, 177 видов птиц, 5 видов пресмыкающихся, 1 вид земноводных и более 900 видов насекомых. В заповеднике преобладают среднеазиатские горные виды, среди них встречаются и эндемики, характерные для определённых горных районов. В пределах заповедника, в реке Шелек, обитают три вида рыб: голец Штрауха, чешуйчатый и голый осман.
Млекопитающие
В заповеднике обитает 41 вид млекопитающих, относящихся к 6 отрядам, 16 семействам и 34 родам. В Красную книгу Казахстана включены 4 вида млекопитающих: тяньшаньский бурый медведь (Ursus arctos isabellinus), Туркестанская рысь (Lynx lynx), каменная куница (Martes foina), снежный барс (Panthera uncia Schreber), который внесён в глобальный список исчезающих видов Международного союза охраны природы (IUCN).
Птицы
На территории Алматинского государственного природного заповедника зарегистрировано 177 видов птиц, из которых 103 вида гнездятся. Эти виды птиц относятся к 18 отрядам, 47 семействам и 112 родам. Гнездящиеся виды составляют 63,8 % от всех видов птиц, встречающихся на территории заповедника. В заповеднике обитают 3 глобально угрожаемых среднеазиатских вида (черный гриф – Aegypius monachus, коростель – Crex crex, сизоворонка – Coracias garrulus), включенные в «Красный список» IUCN (МСОП) и относящиеся к видам, находящимся под глобальной угрозой исчезновения, по классификации BirdLife International. В Красную книгу Казахстана занесены 12 видов птиц: черный аист (Ciconia nigra), орел-карлик (Hieraaetus pennatus), беркут (Aquila chrysaetos), бородач (Gypaetus barbatus), кумай (Gyps himalayensis), балобан (Falco pelegrinoides), сапсан (Falco peregrinus), серпоклюв (Ibidorhyncha struthersii), филин (Bubo bubo), синяя птица ((Muophonus caeruleus), серый журавль (Grus grus), журавль-красавка (Anthropoides virgo).
Земноводные и пресмыкающиеся
В пределах территории Алматинского государственного природного заповедника выявлено 5 видов пресмыкающихся (Reptilia) и 1 вид земноводных (Amphibia) — зелёная жаба (Bufo viridis). Среди пресмыкающихся наиболее часто встречаются алайский гологлаз (Ablepharus alaicus), обыкновенный щитомордник (Agkistrodon halys), разноцветный полоз (Elaphe dione). Реже отмечены обыкновенный уж (Natrix natrix) и обыкновенная гадюка (Vipera berus).
Насекомые
Количество видов беспозвоночных животных неизвестно, но несомненно, что они разнообразны и многочисленны: на сегодняшний день выявлено около 2000 видов, относящихся к 8 классам. При входе в заповедник первыми бросаются в глаза ярко окрашенные дневные бабочки — от крупных парусников до мелких голубянок, здесь встречается не менее 135 их видов. Определены также отдельные представители других групп насекомых. Так, из отряда жуков установлено 252 вида жужелиц и 102 вида листоедов, из перепончатокрылых: 110 видов диких пчёл и 33 вида муравьёв, 97 видов роющих ос. Можно с уверенностью утверждать, что на территории заповедника встречается более 6 тысяч видов насекомых. Из этого разнообразия в Красную книгу Казахстана занесено только 11 видов. Из других беспозвоночных к краснокнижным видам относятся 4 вида наземных брюхоногих моллюсков. В Красной книге РК – 11 видов: Брадибена синистрорза (Bradybaena sinistrorza), Псеудонапеус Шнитникова (Pseudonapaepus schnitnikovi), Туркомилакс туркестанский (Turcomilax turkestanus), Туркомилакс Цветкова (Turcomilax tzvetkovi), Булавобрюх заметный (Cordulegaster insignis), Дыбка степная (Saga pedo), Красотел Семенова (Callisthenes semenovi), Корнеед большой (Dorcadion grande), Хилокорус двуточечный (Chilocorus bipustulatus), Бедромиус (Parnassius boedromius), Патриций (Parnassius patricius).
Растительный мир
В Алматинском заповеднике флора насчитывает 1440 видов растении, из них 960 видов высших растений, 480 видов низших растений. Среди них 14 реликтовые, 18 эндемические виды. В Красную книгу Республики Казахстан включены 29 видов высших растений и 1 вид грибов.
Низшие растения. В заповеднике выявлено 200 видов грибов; 80 вида листостебельных мхов, отнесённых к 46 родам, 24 семействам и 10 порядкам; а также 200 видов лишайников, относящихся к 29 родам и 16 семействам.
Высшие растения. На территории заповедника насчитываются 960 видов, относящихся к 415 родам из 85 семействам. Наиболее богаты видами семейства: Сложноцветные (Asteraceae), Мятликовые (Poaceae), Розоцветные (Rosaceae), Бобовые (Fabaceae), Лютиковые (Ranunculaceae).
На заповедной территории произрастает 14 видов деревьев, 64 кустарников, 3 кустарничков, 5 полукустарничков, 3 лиан, 102 однолетних, 47 двулетних, 722 многолетних. В целом для флоры заповедника характерно господство травянистой растительности.
Узкими эндемиками заповедника является ирис Альберта (Iris albertii), курчавка Мушкетова (Atraphaxis muschketowii), остролодочник алматинский (Oxytropis almaatensis), пастернаковник ледниковый (Pastinacopsis glacialis)), ястребинка кумбельская (Hieracium kumbelicum) и др. Реликтовыми является курчавка Мушкетова (Atraphaxis muschketowii), адонис золотистый (Adonis chrysocyathus), хохлатка Семенова (Corydalis semenovii), соссюрея обвернутая (Saussurea involucrate).
Дикоплодовые заросли представленные 42 видами плодово–ягодных растений, принадлежащих к 15 родам и 5 семействам. Среди них деревьев 10 видов, кустарников 29, травянистых 3. Глобальную генетическую ценность представляют произрастающие здесь краснокнижные яблоня Сиверса - Malus sieversii (Ledeb.) M.Roem. вид с сильно сокращающейся численностью, яблоня Недзвецкого - Malus niedzwetzkyana Dieck – очень редкий, почти эндемичный, исчезающий вид, с незначительной численностью, абрикос обыкновенный - Armeniaca vulgaris Lam. редкий вид, с сокращающимся ареалом. Одной из основных форм лиственного леса являются дикоплодовые заросли, где основная лесообразующая порода – дикая яблоня. Эндемиком является рябина Тянь – шанская, образующая заросли в складках микрорельефа северных склонов. Из трех видов боярышников, алма-атинский является эндемиком. В прирусловой части рек и ручьев встречается смородина: Мейера, Янчевского, разноволосая и каменная.
К древним видам, встречающимся в заповеднике, относятся курчавка Мушкетова (Atraphaxis muschketowii), адонис золотистый (Adonis chrysocyathus), хохлатка Семенова (Corydalis semenovii), соссюрея обвернутая (Saussurea involucrata).
UNESCO/MAB
Министерство экологии и природных ресурсов Республики Казахстан
Комитет лесного хозяйства и животного мира Министерства экологии и природных ресурсов Республики Казахстан